Mae'r dulliau o ddefnyddio asiantau microbaidd amaethyddol yn cynnwys cymysgu hadau yn bennaf, socian hadau, trochi gwreiddiau, dyfrhau gwreiddiau a chymhwyso gwrtaith sylfaen. Mae'r gweithrediadau penodol fel a ganlyn:
Cymysgu hadau a socian hadau: Gwanhewch yr asiant microbaidd gydag ychydig bach o ddŵr glân, rhowch yr hadau ynddo a'u cymysgu'n gyfartal, ac yna eu rhoi mewn lle cŵl i sychu. Mae socian hadau i socian yr hadau yn yr asiant gwanedig am oddeutu 6-12 awr cyn hau.
Trochi gwreiddiau a dyfrhau gwreiddiau: Ar ôl glanhau gwreiddiau'r eginblanhigion, ymgolli yn yr asiant gwanedig i sicrhau bod y gwreiddiau wedi'u halogi'n llawn â'r toddiant bacteriol.
Yna meithrin a dyfrhau'r gwreiddiau gyda'r toddiant bacteriol sy'n weddill i hyrwyddo twf yr eginblanhigion.
Cymhwyso gwrtaith sylfaen: Gellir cymysgu asiantau microbaidd â thail buarth a'u cymhwyso trwy eu claddu'n agos at y gwreiddiau.
Dyfnder y cais ar gyfer coed ffrwythau dwfn - yw 40 - 60 cm, ac ar gyfer coed ffrwythau â gwreiddiau bas yw 30-40 cm. Rhowch tua 0.5-1 kg o ffwngladdiad i bob coeden ffrwythau, ei daenu'n gyfartal yn y twll wedi'i gloddio, yna ei orchuddio â phridd a'i ddŵr.